近亲繁殖不论本品种选育或杂交繁育,有可能会发生近亲的关系。就矮马匹改良来说,在某地因为高度利用少数几匹或一匹优秀的种公矮马,它们的后代就容易产生都是有如兄弟姐妹,或祖孙、父子及亲属之间的血统关系。这种情况往往是由于缺乏新的种公矮马补充进来,老的种公矮脚马死了,只能从它所生的后代中选出种矮马继续彼此配种,长久以后,就会造成大批矮马匹都是不同程度的近亲血缘关系。
近亲繁殖有好处也有害处,要一分为二来看。它的好处是能把一匹或几匹优秀种公矮马及一些母矮马的优良品质保存巩固下来并传给后代,不过这要进行严格的选种选配,不能把这些近亲关系的后代不加选择地全部都继续用来配种,否则必然流于血统混乱,更难整理。在设特兰矮马种改良中,如采用这种方法必须有限度的采用。因此,矮马匹登记制度在这里就显得更重要了。
但是,由于盲目地滥用亲缘繁殖,必然会带来坏处,如后代体质弱,生产能力降低,生长发育差等。这是由于近亲繁殖时,父母双方生殖细胞之间的差异越来越小的缘故。
无论采取本品种选育还是杂交法改良德保矮马种,尤其在育种最后的阶段,如果见到有近亲繁殖的不良倾向时,就应停止继续这样做,最好的办法是引用同品种而没有血统关系,体质结实的种公矮马参加配种以代替原有的种公矮马,称为血液更新。或者淘汰那些已出现某些严重缺点的公、母矮马,不再供繁殖用,而只是把那些母矮马另用体质结实的壮年公矮马交配,然后再双察它的结果。
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