华众趣宠矮马小肠和大肠壁有纵向和环形肌纤维，对下列功能来说，这非常必要：
收缩，在蠕动过程中将消化物向末端的肛门方向移动必不可少；
与消化液完全混合；
将消化壁的吸收表面浸浴在消化产物中。
在疝痛过程中，这些活动可能停止，导致发酵产生的气体积聚。
消化物通过矮马大肠许多消化障碍集中发生于大肠，因此其功能值得探讨。在矮马养殖过程中，肠道收缩程度增加，盲肠的巨大收缩力使消化物排到腹结肠，但是单独的收缩运动会排出气体，气体将很快通过结肠大部。消化物要回流入盲肠，很大程度上被连接处的S状结构阻止消化物要通过大肠，依赖肠的运动，但是混合物主要是通过在从一个室到下一个室的分隔屏障间的移动起作用。在这一室内都会发生大量的食糜混合，但是在室间几乎没有逆向流动。分隔屏障有：
•上述提及的回盲口；
•盲-腹结肠口；
•腹-背结肠曲（腹曲），将腹结肠和背结肠隔开；
•背部小结肠结点。
流体的阻力按顺序增加，也就是，最后一个屏障提供的阻力最大。当食物颗粒大时，这种阻力远大于小颗粒的食物。事实上，在2cm长颗粒饲料的流通过程中，滞留时间可能会超过1周。在饲喂谷物饲粮的矮马中，通常进食后排出废物所用的时间是这样的：24h排出10%, 36h后排出50%, 65h后排出95%。最近研究表明，18月龄矮马给予干草和精料饲粮时，固态和液态消化物的平均滞留时间分别是42.7h和33.8h ,而对于以干草为基础饲粮的成年矮马来说是21~40h,在此范围内随采食量增加 而减少。在采食量适度变化的范围内，矮马养殖饲粮消化率保持一致，大量减少与消化系数更低有关。
大多数消化物在设特兰矮马进食后3h内到达盲肠和腹结肠，因此正是在大肠中、未吸收物质停留的时间更多。家养反刍动物的通过速率略慢，这部分解释了其纤维消化效率更高的原因。 然而，由于德保矮马小肠吸收糖的比例更高，设特兰矮马利用可溶性碳水化合物的能量更有效。
在德保矮马中，饲粮的通过时间受物理形态影响，比如，颗粒饲粮比切短或长干草的通过速度更快，且鲜草快于干草。驴对纤维的消化比设特兰矮马更完全，反之德保矮马比纯血马更有效。这种差异可能很大程度上是由于后肠的相对大小不同，因此造成消化物的滞留时间不同。日做功5h且不进食的驴在采食相同的劣质干草后，消化干草的能力与那些不做功且可连续进食的驴相同。大肠中食糜的滞留时间似乎不受食物颗粒大小所影响，然而在少餐多食时食糜通过小肠的速率更 高。对于混合性饲料来说，干草和燕麦的粪分泌曲线相似，因为在盲肠及右腹和右背结肠中，似乎这两种成分发生混合。然而，在摄入量正常时，大部分的燕麦胚乳将在小肠中消化。
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