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非洲鸵鸟种蛋的消毒应以不影响护膜结构，能有效地杀死黏附于其上的细菌，不引起新的感染为原则。消毒程序和方法常包括干擦或湿布抹拭前处理，然后消毒，或不作前处理，直接用福尔马林熏蒸、紫外光照射、消毒液浸泡和喷雾消毒等不同方法消毒。各饲养场具体采用何种方法可因地制宜，关键是要了解各种方法的弱点。也可对原有方法加以改进，防止消毒不彻底或交叉感染。
下面介绍几种常用的消毒方法。
消毒类型 优点 缺点
消毒液浸泡 经济、快速、对护膜影响小 交叉感染，细菌可能在浸液中生长，操作不正确时影响护膜
紫外光照射 蛋保持干爽 可能影响操作人员健康，在禽类中效果不很显著。对护膜影响不详
福尔马林熏蒸 效果显著，不湿蛋 对操作人员健康影响大，是致癌物，需严格按健康要求执行
喷雾雾化 交叉感染少，对护膜影响不大，有多种消毒剂可选择 已有使用，但效果未证实，需特定的设备
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